Maj-czerwiec 1862- w maju rusza długo oczekiwana i odkładana ofensywa McClellana. Zamiast jednak uderzać wprost na Richmond nieudolny ten generał postanowił przeprawić swoją armię przez zatokę Chesapeake do Fort Monroe na wybrzeżu Virginii i stamtąd dopiero rozpocząć długi marsz wzdłuż półwyspu utworzonego przez rzeki York i James, co trwało prawie 2 miesiące. Nie ryzykując nadmiernie armia Potomacu dotarła do Yorktown i zaczęła oblężenie tego miasta trwające od 05 kwietnia do 4 maja. Był to błąd, gdyż w tym czasie konfederaci zebrali swoje siły dla obrony Richmond. Przed końcem maja żołnierze McClellana zbliżyli się do stolicy Południa na odległość kilku mil. Tysiące mieszkańców uciekło w panice z miasta. Jednak McClellan nie potrafił wykorzystać sytuacji i doczekał się 31 maja ataku gen. Johnstona na jego armię rozdzieloną wezbranymi wodami rzeki
Chickahominy. W dwudniowej bitwie pod Seven Pines (Fair Oaks) jedynie przybycie posiłków zapobiegło straszliwej klęsce Unii. Po obu stronach były wielkie straty / ogółem 13,7 tys./, a Johnston został ciężko ranny. Obie strony ogłosiły swoje zwycięstwo.
Wówczas dowództwo Armii Północnej Wirginii objął gen. Robert E. Lee, co istotnie wpłynęło na losy wojny. Lee zamierzał uderzyć całymi swoimi siłami na wojska Unii na północnym brzegu Chickahominy, ale poważne straty spowodowały, że plan ten się nie powiódł. Dalsza ofensywa Gen. Lee znana jest pod nazwą Bitwy Siedmiodniowej /od 25 czerwca do 1 lipca/, jednak i ona nie przyniosła rozstrzygnięcia, a wojska Unii nadal tkwiły niebezpiecznie blisko Richmond.
W tej sytuacji podjęto desperacki atak pod Malvern Hill /1 lipiec/, gdzie konfederaci ponieśli kolejne ciężkie straty. Była to ostatnia bitwa Siedmiodniowa, gdzie secesjoniści stracili 5,3 tys. żołnierzy nie zyskując ani piędzi terenu. Mimo faktycznego zwycięstwa "dzielny" McClellan wycofał się do umocnień nad rzeką James, gdzie miał zapewnione silne wsparcie artylerii z kanonierek. To praktycznie zakończyło Kampanię Półwyspu. Lee wysłał gen. Jacksona przeciwko armii gen. John'a Pope'a inicjując Kampanię Północnej Wirginii.
Ciekawostką tego okresu jest osobiste przybycie Lincolna na front /poniedziałek, 5 maja/ do Ft. Monroe na parowcu "Miami".
Następnego dnia kierował on atakiem kanonierek na Sewell's Point, ale prawdziwe, ciężkie walki w tym dniu toczyły się o zdobycie Williamsburga-starej stolicy Wirginii.
Reasumując: dwie 100 -tysięczne armie McClellana i Hallecka /operował w rejonie Corinth/ na skutek nieudolności tych generałów nie osiągnęły swoich celów grzebiąc ostatecznie nadzieje na krótką wojnę.
lipiec-wrzesień 1862-trwało oblężenie Fredericksburga i miało trwać jeszcze cały rok. McClellan zajął pozycje obronne, chociaż to on miał atakować Richmond. 9 lipca prezydent Lincoln spotkał się z McClellanem, który wręczył mu dziwaczny dokument pt."Harrison Landing Letter" /pouczenia dla prezydenta na temat polityki wojennej!/. To ostatecznie spowodowało degradację generała-polityka i awans Hallecka na wodza naczelnego.
Podjęto decyzję o ewakuacji z Półwyspu i wzmocnieniu obrony Waszyngtonu, którą dowodził John Pope. Ale gen. Lee razem z siłami gen. Jacksona uderzył na Pope'a przed przybyciem armii McClellana i w tzw. drugiej bitwie pod Manassas sprawił mu tęgie lanie. Siły Unii musiały wycofać się do fortyfikacji pod Waszyngtonem, a skompromitowanego Pope'a wysłano do Minnesoty, aby walczył z Indianami. Unia straciła w tej bitwie blisko 14 tys. żołnierzy, a stolica Północy znowu była zagrożona.
Gen. Lee był jednak w ciągłej ofensywie, nie dawał przeciwnikom zbyt wiele czasu i postanowił stoczyć bitwę poza terytorium Południa. Miał nadzieję, że zagranica uzna w ten sposób Konfederację. Dlatego też ruszył we wrześniu na zachodni Maryland zmierzając ku Pensylwanii.
Jednak jego śmiale plany zostały przypadkowo wykryte przez McClellana /znowu dowodził siłami Unii pod Waszyngtonem/, który jednak tchórzliwie zwlekał przez 16 decydujących godzin. W tym czasie Lee ponownie zebrał większość swoich oddziałów na drugim brzegu strumienia o nazwie Antietam Creek. 17 września siły McClellana przypuściły atak rozpoczynając zajadłą bitwę pod Antietam (inna nazwa: Sharpsburg). W momencie kiedy siły konfederatów były bliskie załamania z Harper's Ferry przybyła dywizja A.P. Hilla. Zmęczeni 16-milowym marszem żołnierze natychmiast weszli do walki miażdżąc bezlistośnie lewą flankę unionistów. Krwawa bitwa nie przyniosla rozstrzygnięcia mimo dwukrotnej przewagi sił federalnych. Stracili oni 2108 zabitych oraz 10 tys. rannych i zaginionych. Konfederaci stracili ogółem ok. 10 tys. ludzi, ale było to 25% całej armii. Następnego dnia zmęczona armia Południa przekradła się przez Potomac do bezpiecznej Wirginii.
Było to-na szczęście- ostatnie dowodzenie nieszczęsnego McClellana. Lincoln pozbył się tego generała powierzając mu obowiązki rekrutacji. Nigdy już nie miał on dowodzić oddziałami.
Jednakże Lincoln dokonał jeszcze gorszego wyboru powierzając dowództwo gen. Ambrose Burnside'owi.
październik-grudzień 1862
Jedyna większa bitwa tej wojny na terytorium stanu Kentucky została stoczona w dniu 8 października pod Perryville. Inwazja generała Konfederacji Braxtona Bragg'a na terytorium tego stanu spotkała się z przeciwdziałaniem Armii Ohio gen. Don Carlosa Buell'a. Mimo, że ten ostatni dwukrotnie przewyższał liczebnością swych sił wojska Konfederacji nie zdołał ich rozbić, ale osiągnął lokalny sukces, kosztem 4,2 tys. strat własnych i 3,2 tys. strat rebeliantów.
Bitwę rozpoczęto o świcie, ale dziwne warunki atmosferyczne panujące tego dnia spowodowały, że Buell nie słyszał huku dział swoich straży przednich i nie wysłał posiłków.Spowodowało to lokalne załamanie się lewej flanki federalnej. Jednak stopniowo włączały się do walki kolejne brygady Unii i to zmusiło Bragg'a do wycofania się pod osłoną nocy. Unia odzyskała kontrolę nad Kentucky.
Gen.Burnside zdecydował się walczyć mimo nadciągającej zimy. 13 grudnia wysłał swoją armię na drugi brzeg Rappahannock River do ataku na siły gen. Lee, które dobrze okopały się na zachód od Fredericksburga, u podnóża wzniesienia Marye's Heights. Czternaście frontalnych ataków unionistów spowodowało koszmarną jatkę i stratę 13 tys. ludzi. Burnside płakał dając rozkaz do odwrotu swej zmaltretowanej armii.
W końcu 1862 roku siły Unii na Wschodzie utknęły w martwym punkcie, a na Zachodzie natarcie było od pół roku powstrzymywane. Morale w wojskach Unii osiągnęło dno.
Jednak 1 stycznia 1863 Lincoln podpisał słynną Proklamacje Emancypacji /Emancipation Proclamation/ i cały konflit o Unię przemienił się w walkę o abolicję.
Niestety Lincoln znowu mianował głównodowodzącym generała, który nie nadawał się na to stanowisko. Był nim Joseph E. Hooker zwany "Fighting Joe".
styczeń-maj 1863
W pierwszy dzień roku 1863 trwała bitwa pod Murfreesboro (Stone's River) rozpoczęta poprzedniego dnia. Starły się dwie armie, każda po ok. 54 tys. ludzi. Siły konfederatów pod wodzą gen. Braxtona Bragga zostały zmuszone do odwrotu w dniach 4-5 stycznia przez gen.Williama Rosecransa. Konfederaci stracili 9 tys. zabitych i rannych oraz 1 tys. zaginionych. Nieco niższe były straty Unii. Ta jednak miała nieporównanie większe zasoby ludzkie i materiałowe i to na przestrzeni roku 1863 miało się coraz bardziej uwidaczniać.
Armie zaległy w obozach zimowych, aktywna była tylko flota utrzymująca blokadę Południa.
W kwietniu Unia zmobilizowała potężną armię liczącą 134 tys. ludzi, a ponadto dysponowała doskonałym planem zaskoczenia konfederatów. Niestety Hooker doznał w krytycznym momencie załamania nerwowego /pocisk armatni trafił w jego sztab, spadające belki raniły go w głowę/, a Lee przejrzał plany i nie dał zwieść się pozorowanemu uderzeniu na wysokości Frederiksburga. Pod Chancellorsville, po wstępnej potyczce Lee podzielił swoje siły i wysłał Jacksona na czele ponad połowy ludzi, aby uderzył na odsłoniętą prawą flankę wroga. 2 maja pod wieczor Jackson zaskoczył wojska federalne na skraju zalesionego obszaru o nazwie Wilderness. Wywiązała się chaotyczna walka, ale przerwano ją po zapadnięciu ciemności. Na drugi dzień Lee zmusił Hookera do wycofania się spowrotem za rzeke Rappahannock. Było to wielkie i ostatnie zwyciestwo gen.Lee, ale okupione wielkimi stratami. Poległo 1600 żołnierzy wraz z gen. "Stonewall" Jacksonem /zabity przez własnych żołnierzy przez pomyłkę/, a straty łączne wyniosły 12 tys.Południe prawie wyczerpało swoje rezerwy. Hooker stracił 17,3 tys. ludzi czyli 20% stanu jednostek bojowych i wykazał się nieudolnością w dowodzeniu.